Główny składnik mikrokapsułek – substancja, która ma być kapsułkowana – może występować w dowolnym stanie skupienia – ciekłym, stałym, gazowym. Istniejące metody dają możliwość mikrokapsułkowania zarówno substancji liofilowych, jak i liofobowych. Zawartość mikrokapsułek może obejmować obojętny wypełniacz, który jest medium, w którym substancja została rozproszona w procesie mikrokapsułkowania, lub jest niezbędny do późniejszego funkcjonowania substancji czynnej. Zawartość substancji kapsułkowanej w mikrokapsułkach wynosi zazwyczaj 50-95% masy kapsułek. Wartość ta może się różnić w zależności od technologii i warunków produkcji, wymaganego stosunku materiału otoczki do substancji kapsułkowanej, a także od innych parametrów procesu: temperatury, stopnia dyspersji, lepkości medium, obecności surfaktantów itp. Termin „mikrokapsułki” lub „nanokapsułki” może odnosić się do wielu różnych struktur. Można używać cząsteczek, w których uwięziony jest składnik aktywny, jak również kompleksów złożonych cząsteczek, z których powstają nanokapsułki lub nanosfery. Nanokapsułkowanie ma miejsce, gdy rozmiar cząsteczek jest mniejszy niż kilka mikrometrów. Gdy rozmiar cząsteczek jest mniejszy niż jeden milimetr, mówimy o mikrokapsułkowaniu. Różne klasy substancji mogą być używane jako materiał powłoki lub matryca kapsułkująca: Woski i lipidy: wosk pszczeli, woski kandelila i karnuba, emulsje woskowe, distearynian glicerolu, tłuszcze naturalne i modyfikowane. Białka: żelatyna, białka pszenicy, białka soi, zeina, gluten itp. Stosowane są zarówno same białka, jak i ich modyfikacje. Węglowodany: skrobie, maltodekstryny, chitozan, sacharoza, glukoza, etyloceluloza, octan celulozy, alginiany itp.

Rozkładalne polimery: polipropylen, poliwinyloctan, polistyren, polibutadien itp. wybór materiału powłoki lub matrycy kapsułkującej zależy od przeznaczenia, właściwości i sposobu uwalniania środka kapsułkującego, a także od wybranej metody mikrokapsulacji. Zawartość mikrokapsułek może być uwalniana, gdy powłoki są mechanicznie niszczone pod ciśnieniem, tarciem, działaniem ultradźwiękowym, topieniem, gdy są rozrywane od wewnątrz przez pary lub substancje gazowe uwalniane, gdy zmieniają się warunki zewnętrzne, gdy substancja powłoki wchodzi w interakcję z medium, gdy się w nim rozpuszcza, a także podczas dyfuzji zawartość, gdy ściany kapsułki pęcznieją, rozpuszcza się w otaczającej cieczy. Istniejące metody mikrokapsułkowania można podzielić na trzy główne grupy: fizyczne metody mikrokapsułkowania opierają się na metodach tworzenia powłok metodami mechanicznymi. Ta grupa metod obejmuje powlekanie w złożu fluidalnym, wytłaczanie za pomocą wirówek lub urządzeń do formowania rur w rurze, kondensację pary (rozpylanie próżniowe). Metody chemiczne opierają się na przemianach chemicznych prowadzących do powstania materiału błonotwórczego, a mianowicie tworzenia nowej fazy poprzez sieciowanie polimerów, polikondensację i polimeryzację. Przemianom chemicznym mogą podlegać zarówno substancje o wysokiej masie cząsteczkowej (oligomery lub polimery), jak i substancje o niskiej masie cząsteczkowej. Metody fizykochemiczne obejmują koacerwienie, wytrącanie polimeru błonotwórczego ze środowiska wodnego poprzez dodanie składnika zmniejszającego jego rozpuszczalność, tworzenie nowej fazy wraz ze zmianą temperatury, odparowywanie lotnego rozpuszczalnika, utwardzanie stopów w ciekłych mediach, wymianę ekstrakcyjną, suszenie rozpyłowe i adsorpcję fizyczną. Przy wyborze metody mikrokapsułkowania należy wziąć pod uwagę kilka głównych czynników.