Ponadto różne materiały mają różną szybkość suszenia, a w tych samych warunkach procesu kapsułkowania produkty będą miały różną zawartość wilgoci resztkowej. Wszystko to wpływa na przechowywanie produktu i tendencję do aglomeracji. Polimery stosowane jako materiał kapsułkujący to poliortoester (ROE – poli(ortoester)), a,1-so-polimer kwasu mlekowego i glikolowego (PLGA – poli(dl-laktyd-ko-glikolid)) i ich mieszanki o różnych procentach. Można zauważyć, że przy użyciu ROE aglomeracja cząstek jest minimalna, podczas gdy cząstki zawierające PLGA sklejają się po 6 h. Przy stosowaniu mieszanek polimerów stopień aglomeracji cząstek zmienia się w zależności od proporcji polimerów: cząstki zawierające PLGA 80% są mniej podatne na aglomerację.

Należy jednak zauważyć, że po 5 dniach na powierzchni cząstek tworzą się pory, które następnie powiększają się i negatywnie wpływają na zachowanie kapsułkowanej substancji. Ze względu na stosunkowo wysoką ekonomiczność i wydajność procesu, dodatki do żywności, aromaty, probiotyki, oleje aromatyczne, antybiotyki, enzymy i inne substancje są kapsułkowane tą metodą. Metody fizykochemiczne wykorzystują zjawisko koaceracji. Koacerwacja (od łacińskiego słowa servus, oznaczającego akumulację lub zjednoczenie) to tworzenie kropelek wzbogaconych rozpuszczoną substancją w roztworze związków wielkocząsteczkowych. Połączenie utworzonych kropelek prowadzi do rozdzielenia układu na dwie równowagowe warstwy cieczy: warstwę o niskiej zawartości polielektrolitu i warstwę o zwiększonym stężeniu polielektrolitu, zwaną warstwą koacerwatu.